Graças as histórias fantásticas contadas pelo seu avô, Jacob resolve viajar até uma ilha misteriosa onde fica localizado um orfanato que abrigaria crianças com poderes especiais, ou melhor, peculiaridades. Lá ele descobre que pode ser mais parecido com elas do que ele imagina. Comandado pela Srta. Peregrine, o local foi alvo de um ataque durante a Segunda Guerra Mundial, mas graças a uma fenda criada por ela, seus moradores vivem em um eterno looping, que faz com que o mesmo dia se repita todos os dias e termine antes do míssel atingir o casarão. Isso faz também com que os peculiares nunca envelheçam. Entretanto, uma ameaça vinda de dissidentes deve acabar com a paz e a segurança de lá.