Nuvens de Sentinelas. Clones do agente Smith. Neo pode voar, mas talvez nem mesmo o Escolhido, com novos e impressionantes poderes, seja capaz de conter o avanço das máquinas. Neo, Morpheus e Trinity. Todos estão de volta para o poderoso segundo capítulo da trilogia Matrix juntamente com novos aliados, batalhando contra inimigos que são clonados, evoluíram e estão cada vez mais próximos de destruir o último enclave humano no planeta.